繼獲頒首個廣深港高鐵項目，寶嘉再次獲授予第二份高鐵工程合約，包括建造一條2.95公里長的雙軌隧道、兩段各長660米的單軌隧道，合共建造長3.61公里的隧道段。

鑑於隧道南端為赤門斷裂帶，香港寶嘉工程小組建議修訂原來的設計，起用隧道鑽挖機建造兩條單軌隧道，代替傳統的鑽挖爆破方法。採用隧道鑽挖機的好處是毋須再在美荔道路面建造豎井及引道，有效紓緩工程對毗鄰學校和民居造成的噪音和塵埃。

雖然受環境限制，只有單一出入通道，工程人員仍能保持一貫的施工效率，平均每日完成約5.6米的鑽挖工作。整個項目合共挖出超過1,200,000噸石，平均每日出石達8,000噸。

石蔭至美荔道隧道項目的最後一次爆破較原定時間提早一個月完成，是港鐵公司高鐵工程旗下採用鑽挖及爆破方法最早貫通的隧道項目。